L'objet le plus ancien découvert sur le territoire communal est une hache de pierre polie et pour l'instant notre préhistoire s'arrête là. On sait également peu de chose sur la période romaine qui nous a tout de même laissé les traces d'une route, les vestiges d'une villa et la probable étymologie de Lignières: lignium, le bois en latin.

C'est au coeur du Moyen Age que notre village fait son entrée. En 1179, une bulle du Pape mentionne en effet pour la première fois le nom de Linières. 

Revenons au bois qui a longtemps joué un rôle important dans l'économie villageoise, ce que nous rappelle le compas forestier de nos armoiries. Si au début du 17e siècle notre bois de feu ne sert pas encore à chauffer les bâtiments communaux par le chauffage à distance, il alimente par contre les bûchers sur lesquels bon nombre de malheureuses "sorcières" périront. Le feu sera encore à l'origine d'un drame en 1832, lorsque 29 maisons du village seront détruites par un incendie. 

Mais l'histoire de Lignières est surtout jalonnée par les nombreux déplacements de frontière entre le comté de Neuchâtel et l'évêché de Bâle qui ont provoqué bien des querelles et qui sont à l'origine du franc-alleu, bande de terre libre de lods à l'est de la commune, entre les hautes bornes de 1535 et les petites bornes de 1705. Cette particuliarité unique en Suisse a malheureusement été abolie dernièrement par le Conseil d'Etat, malgré les protestations de l'autorité communale. Le célèbre traité de Vienne de 1815 fixera définitivement nos bornes et dès lors notre histoire se confondra avec celle du tout nouveau canton de Neuchâtel, 21ème canton de la Confédération.